Ubicado 700 kilómetros de de Santa Cruz de La Sierra frontera con Brasil, su altura oscila entre los 100 y 750 metros sobre el nivel del mar. La temperatura promedio es de 25º C. El río Iténez en la frontera con el Brasil se une con los ríos Mamoré y Madera, el último, principal tributario del Río Amazonas; también incluye las cuencas de los ríos Verde, Pauserna, Paraguá y Tarvo. Los Ríos Verde y Pauserna nacen en la planicie de Caparú y forman de las hermosas Cataratas “Federico Ahfeld” y “Arco Iris”.
El Parque tiene la convergencia de diferentes características biogeográficas como la región Amazónica al Norte, el bosque seco subtropical al Sur, el Cerrado Brasilero al este y el Bosque Seco Chiquitano al oeste; forma parte del Escudo Brasilero, una de las extensiones más elevadas en la región.
Flora
Existen aproximadamente 4,000 especies de plantas vasculares y una gran variedad de orquídeas, bromelias, pasifloras, heliconias, aráceas y palmeras. En el grupo de árboles y plantas se destacan la mara (Swietenia macrophylla), el roble (Amburana caearensis), el cedro (Cedrela odorata), la goma (Hevea brasiliensis), y varias especies de palmas como el asaí o palmito (Euterpe precatoria).
Fauna
Se registran cerca de 150 variedades de mamíferos: jaguares, pumas, antas y tapires, pecaríes, monos, urinas o venados, capiguaras y especies raras como el perrito de monte, borochi, ciervo de los pantanos, bufeos y londras.
Se han reportado más de 620 especies de aves,: las pavas, parabas, loros, tucanes, gavilanes, halcones, gaviotas, tapacarés, patos, garzas, martín pescador, cuenta con 62 especies de anfibios; 250 especies de peces. Los reptiles 74 especies, que incluyen cocodrilos, saurios diversos, tortugas y serpientes, caimán negro, sicurí, tataruga, tracayá, peta de tierra, cascabel púa, cascabel chonono e iguana y 347 especies de insectos.